1) Normalised Collision Energy(NCE)를 사용한 HCD는 iTRAQ Reporter 이온을 포함한 MS/MS 데이터에서 3ppm RMS의 매우 정확한 질량값을 나타냈다. 이는 동시에 단백질 규명과 정량을 하기 위한 경우, Peptide에 iTRAQ을 Tagging하고 HCD 결과를 통해 연구 할 수 있음을 제시한다. 2) Ion Trap Mode의 Data Dependent MS/MS과 동시에 고정확도의 질량 관측이 가능한 Orbitrap의 HCD Data Dependent MS/MS를 Parallel 모드로 데이터를 측정한 결과, Protein Sequence Coverage가 휠씬 증가하였다. 3) 고분해능과 낮은 화학적 Noise의 선천적인 기술을 가진 Orbitrap 데이터는 iTRAQ을 이용한 정량분석에 있어 필수적이다. 저 분자량 영역에서 동중핵의 간섭 이온을 iTRAQ Reporter Ion으로부터 분리하기 위해서는 11000 FWHM의 분해능이 요구된다. 이는 정량분석에 있어 정확도와 정밀도를 모두를 개선시킨 것이다. Figure 6과 같이 분해능을 16,000으로 사용하면 혼합물을 분석할 때 명확한 결과를 획득할 수 있다. 이는 편의를 고려하였을 때, peptide 혼합물에서 낮은 농도의 Peptide 정량 분석을 위해 실로 필수인 것으로 추론할 수 있다. 4) iTRAQ 비의 정확도는 상대오차가 평균적으로 단백질 레벨에서 4%, Peptide 레벨에서 9%로 나타났다. 5) iTRAQ 비의 상대적인 가변율은 평균적으로 단백질 레벨에서 2.4%, Peptide 레벨에서 10%로 나타났다. 6) LTQ Orbitrap은 정성 분석과 iTRAQ을 이용한 단백질 정량있어 둘다 QqTOF보다 좋은 결과를 보였다. Protein Sequence Coverage와 단백질 레벨의 정량적인 정확도 그리고 또한 Peptide 레벨의 정밀도와 정확도에 대해서도 월등히 좋은 결과를 얻었다. 특히, QqTOF 질량분석기를 이용할 경우, 높은 화학적 잡음과 낮은 분해능으로 인해 iTRAQ Reporter로부터 동중핵 간섭 이온을 분리하기 어려워 Peptide 레벨에서의 단백질을 정량하는 것이 LTQ Orbitrap에 비해 현저히 성능이 떨어지는 것으로 간주되는 바이다.