총 174개의 clinical isolates를 사용하였으며 phenotypic method, VITEK MS 그리고 Bruker Biotyper MS system을 이용하여 총 174개의 clinical isolates의 동정 결과를 비교하였다. 그 중 6개의 isolates는 phenotypic method와 16S rRNA gene sequencing 방법에서 genus 수준에도 동정이 되지 않아 데이터 분석에서 제외 시켰다.

총 168개의 개중 142개의 isolates가 세 방법 모두 동일하게 동정이 되었으며 VITEK MS에서만 2개의 isolates가 동정되었고 Bruker Biotyper MS에서 유일하게 7개의 isolates가 다른 시스템에 비하여 추가적으로 동정이 되었다. Phenotypic method에서 유일하게 동정된 isolates는 존재 하지 않았다(Figure 1). Bruker Biotyper MS와 VITEK MS와 같은 질량 분석기 기반 미생물 동정기는 phenotypic method에서 동정할 수 없었던 isolates를 대부분 정확하게 동정 할 수 있을 뿐만 아니라 수 분내에 동정이 이루어 지기 때문에 매우 효율적이며 정확한 방법이다.

Figure 1. Summary of isolates identified by VITEKMS or Bruker Biotyper MALDI-TOF MS compared to phenotypic identification.

VITEK MS와 Bruker Biotyper MS를 비교하면 총 168개의 isolates중에서 VITEK MS는 genus 수준까지 145(86.3%)개의 isolates가 동정이 되었고 species까지 알고 있는 114개의 isolates중에서 97(85.1%)개가 정확하게 species 수준까지 동정이 되었다. Bruker Biotyper MS의 경우에는 155(92.3%)개의 isolates가 genus 수준까지 정확히 동정이 되었고 114개의 isolates중 97(85.1%)개의 isolates가 종수준까지 동정이 되었다. Genus 수준에서는 Bruker Biotyper MS가 10개의 isolates를 더 많이 동정을 하였고 species수준으로는 두 system 모두 97개로 같다. 하지만 VITEK MS의 경우에는 17(10.1%)개의 isolates가 동정이 되지 않았고 잘 못 동정된 isolates도 무려 6(3.6%)개나 된다. 이에 반해 Bruker Biotyper MS는 12(7.1%)개의 isolates가 동정이 되지 않았으며 미생물이 잘 못 동정된 경우는 단지 1(0.6%)개에 불과 하다(Table 2).

Table 2. Identification of unusual organisms by VITEK MS
and Bruker Biotyper MALDI-TOF MS

Table 3 에서는 VITEK MS와 Bruker Biotyper MS에서 동정되지 않은 isolates를 나타내었다. 각 isolates들은 phenotypic method, PCR 그리고 16S rRNA gene sequencing으로 동정을 하여 나타내었다. VITEK MS와 비교하여 Bruker Biotyper MS가 동정되지 않은 organisms이 적을 뿐만 아니라 table 2에 나와있는 VITEK MS와 Bruker Biotyper MS에서 동정되지 않았던 20개의 organism의 database중 VITEK MS system에는 6개의 organism이 database에 존재하지 않았고 Bruker Biotyper MS system에는 모든 organism의 database가 존재 함을 확인 할 수 있다. 즉, Bruker Biotyper MS에서는 단백질 추출법과 같은 전처리 방법을 이용하여 재 분석을 하면 충분히 모든 isolates의 동정이 가능 하다 할 수 있다.

Table 3. Isolates not identified by MALDI-TOF MS

본 실험에서 특히 동정이 잘 되지 않은 isolates를 동정하기 위하여 기존의 phenotypic method에서는 5~7개의 phenotypic method를 통하여 동정을 진행하였으며 이 후에 정확한 식별을 위하여 16S rRNA gene sequencing을 통하여 확인을 거쳐야 되므로 많은 시간이 소비가 되었지만 MALDI-TOF MS를 이용한 미생물 동정은 이러한 동정이 잘 되지 않은 isolates도 48시간 이내에 동정을 완료할 수 있었다. 특히, Pseudomonas putida complex의 경우를 예를 들면 정확한 식별을 하기까지 기존의 방법으로는 50일 이상이 걸렸지만 MALDI-TOF MS를 이용하여 48시간 내에 동정을 하였다.

	본 연구는 MALDI-TOF MS를 이용하여 실제 임상에서 식별이 어려운 균주를 식별하고 기존 phenotypic method와 비교하였으며 각 Bruker Biotyper MS와 VITEK MS의 MALDI-TOF MS 시스템에서의 동정 결과를 비교하였다.
	총 168개의 isolates를 이용하여 동정 실험을 하였으며 Phenotypic method에서 동정 할 수 없었던 isolates들도 MALDI-TOF MS에서 11개가 추가로 식별이 되었다.
	Phenotypic method에서는 MALDI-TOF MS에 비하여 추가로 동정된 균주는 존재하지 않았다.
	Bruker Biotyper MS와 VITEK MS를 비교 하였을 때, 각각 161개, 151개의 isolates를 동정하였으며 144개는 두 system모두 동일하게 동정이 되었으며 Bruker Biotyper MS 에서 17개의 균주가 추가로 동정이 되었다.
	VITEK MS는 17(10.1%)개의 isolates가 동정이 되지 않았고 잘 못 동정된 isolates는 6(3.6%)개 이다.
	Bruker Biotyper MS는 12(7.1%)개의 isolates가 동정이 되지 않았고 잘 못 동정된 isolates는 단지 1(0.6%)개에 불과 하다.
	특별히 식별이 힘든 Pseudomonas putida complex의 경우에는 기존방법을 이용한 동정 실험에서는 50일 이상이 걸렸으나 Bruker Biotyper MS를 이용한 실험에서는 불가 48시간도 채 걸리지 않았다.

*원본: TeKippe, E. McElvania, and C-AD Burnham. "Evaluation of the Bruker Biotyper and VITEK MS MALDI-TOF MS systems for the identification of unusual and/or difficult-to-identify microorganisms isolated from clinical specimens."