단백질체를 대상으로 하는 프로테옴 분석은 분리, 동정, 정량분석 뿐만 아니라 분석 데이터를 모아서 정리하는 일까지 종합적 관점으로 진행된다. 이런 프로테옴분석에 있어 가장 일반적이고 고전적인 방법으로는 2DE에 의해 분리되고 염색(Staining) 되어 매우 가시적인 결과를 제공하는 방법이 있다. 여기서 확인된 각각의 단백질 Spot은 그 양에 따라 정량화 될 수 있고, 효소분해 후에 질량분석법을 통해 확인될 수 있다. 그러나 개인의 기술에 따른 결과치의 오차가 크게 나타나므로 재현성 있는 2DE 이미지를 얻고 시료간 차이를 알아내기 위해선 정밀하고 숙련된 기술이 필요하다. 무엇보다 2DE는 25년이 넘은 기술이고 많은 단백질을 동시에 정량분석 할 수 있으며, 많은 단백질들이 확인되고 있지만 같은 단백질이 반복적으로 확인되는 경우가 많아 들이는 시간과 노력에 비해 그리 많은 데이터를 얻는 데는 다소 한계가 있는 방법이다.           반면에 “Shotgun Approach" (Figure 1)가 연구되면서 기존의 복잡한 단백질체를 2DE를 거치지 않고 Trypsin이나 Lysine 등으로 Digestion 시킨 후, LC/ESI-MS/MS를 이용하여 여기서 얻은 데이터로 한번에 상대 정량분석과 함께 Sequence 까지 가능하게 되었다. 이로 인해 프로테옴분석 방법은 수작업이 많고 한정적인 데이터를 얻던 2DE에서 자동화된 LC/ESI-MS/MS로 분석방법이 옮겨가는 추세로 접어들었다. LC/ESI-MS/MS를 통해 복잡했던 프로테옴분석이 간편하고 자동화됨과 동시에 초고속 프로테옴분석이 가능하게 된 것이다.         이에 발맞추어 ThermoFinnigan에서는 LC/ESI-MS/MS에 “Shotgun Approach"와 MudPIT(Multi Dimentional Protein Identification Technology)을 동시에 적용한 시스템 (Figure 2)을 이미 3년 전부터 시장에 출시하고 국내에서도 그 응용이 활발히 진행되고 있다. 이는 자동화된 10 Port-Switch Valve와 두개의 Micro Pump를 사용하여 한개의 SCX Column과 두개의 RP Column으로 Delay-Time 없이 정해진 시간 안에 보다 많은 Protein을 분석하는 시스템 (Figure 2) 이다.