보통 분석하고자 하는 분자가 어떤 특정 형광성질을 가지고 있지 않거나, 자체형광물질의 형광특성이 실험에 적합하지 않을 경우가 있다. 이런 경우에는 분석에 유용한 형광 물질을 분석 하고자 하는 분자에 붙여(labeling) 형광을 측정한다. 그리고 이러한 형광물질을 외부(Extrinsic)형광물질이라고 한다.
단백질의 경우, 분석하고자 하는 단백질에 형광물질을 붙여, 자외선 영역에서 여기/방출 스펙트럼 파장 범위를 갖는 자체 형광물질(방향족 아미노산)을 장파장 쪽의 여기/방출 스펙트럼 파장으로 이동 시킬 수도 있다. 또한 외부형광물질이 붙은 단백질을 외부형광물질이 붙지 않은 단백질로부터 쉽게 분별하여 더욱 분별력을 높일 수도 있다.

지난 10년 동안 외부형광물질의 발견과 관련 응용분야는 괄목하게 발전했으며, 2008년 노벨 화학상은 외부형광물질 중의 하나인 녹색형광단백질 GFP(Green Fluorescent Protein)을 연구한 Osamu Shimomura, Martin chalfie, Roger Y. Tsien 에게 수여된 바 있다. (그림 4. 그림 5)

[그림 4] GFP을 추출할 수 있는 해파리의 형광 특성과 GFP의 사슬모양 그리고 응용법
(www.novelprize.org에서 발췌함)

[그림 5] GFP로 2008년 노벨 화학상 수상자들. (www.novelprize.org에서 발췌함)

그 외 생화학 분야에 많이 사용되는 상품화된 외부 형광 물질의 종류와 파장은 아래 그림 6와 같으며, 자세한 정보는 www.invitrogen.com 에서 검색 할 수 있다.

[그림 6] 생화학 분야 외부 형광물질 종류와 파장. (www.invitrogen.com에서 발췌함)